دراین شرایط بحرانی که پاپ فرانسیس با آن مواجه شده است ، برخی کاردینال‌های مورد اعتماد واتیکان بر سر مسائل مالی با او به نزاع و اختلاف شدید مواجه شدند. به نقل از اخبار منتشر شده ، موضوع به قدری مهم است که پاپ قبل از بستری شدن ، دستور ایجاد یک کارگروه مالی را صادر کرد تا بتوانند مسیحیان را به افزایش کمک‌های مالی و نقدی ، بیشتر ترغیب و تشویق کنند.
پاپ فرانسیس زمانی که دربیمارستان بستری شد و تحت معالجه قرار گرفت ، به شدت با موضوع کاهش بودجه مالی واتیکان مخالفت کرد و به همین دلیل برای رفع کسری بودجه واتیکان ، دوباره تاکید بیشتری به وظایف کارگروه مالی کرد تا از میزان مشکلات سنگین مالی بکاهند.
در نشریات انگلیسی مطرح شده ، بودجه واتیکان از سال 2021 کسری شدیدی داشته و آخرین صورتحساب‌ها و گزارشات مالی بد از دوسال در اواسط سال 2024 با تعیین 83 میلیون یور کسری ، تصویب شد. در سال 2022 ، کسری بودجه واتیکان 22 میلیون یورو گزارش شده بود.
مسئولان مالی واتیکان دراین روز‌ها تمامی مصاحبه خبری شان را لغو کرده و هیچ گونه پاسخ شفاف و صریحی را هم اعلام نمی‌کنند. با ادامه این بحران مالی ، پژوهشگران به این نتیجه رسیده اند در صورت عدم رفع کسری بودجه، واتیکان مجبور می‌شود فعالیت‌های خیرخواهانه خود را کاهش دهد و تعدادی از دفاتر واتیکان در اقصی نقاط جهان را تعطیل کند.
پاپ فرانسیس در ماه گذشته ، یک مدیر جدید برای صندوق بازنشستگی واتیکان تعین کرد و هیچگونه جزئیاتی از علت تغییر مدیریت صندوق به رسانه‌های خبری ارائه نداد و تنها اعلام کرد شاید ساختار اجایی صندوق بازنشستگی واتیکان با تغیرات اساسی مواجه شود. به نقل از یکی از نمایندگان رم ، پاپ تلاش خود را به کار گرفته در زمان حیاتش ، بحران‌های مالی واتیکان را تجربه نکند و آن را برای نفربعدی به یادگار بگذارد.